Sindirim sisteminde besinlerin yetersiz emilimi, yani malabsorpsiyon, çeşitli sağlık sorunlarına yol açar. Kısa vadede, emilemeyen besinler gastrointestinal rahatsızlıklara; başlıca ishal, gaz ve şişkinliğe neden olur. Malabsorpsiyon sendromunda sık görülen ishal, besinlerin vücuttan hızla geçişine ve dolayısıyla emilim süresinin daha da azalmasına yol açarak durumu kötüleştirir. Uzun vadede ise, sürekli besin eksikliği ciddi komplikasyonlara neden olur. Makrobesinlerin (proteinler, yağlar veya karbonhidratlar) yetersiz emilimi kas kaybına ve bağışıklık sistemi zayıflığına yol açabilir. Mikrobesinlerin (vitaminler ve mineraller) eksikliği ise göz, kemik, cilt ve saç sağlığını olumsuz etkiler.