L'absorption insuffisante des nutriments dans le système digestif, ou malabsorption, entraîne divers problèmes de santé. À court terme, les nutriments non absorbés provoquent des inconforts gastro-intestinaux, principalement des diarrhées, des gaz et des ballonnements. La diarrhée, fréquemment observée dans le syndrome de malabsorption, aggrave la situation en accélérant le passage des nutriments dans le corps, réduisant ainsi davantage le temps d'absorption. À long terme, une carence nutritive continue entraîne de graves complications. Une absorption insuffisante des macronutriments (protéines, lipides ou glucides) peut entraîner une perte musculaire et un affaiblissement du système immunitaire. Une carence en micronutriments (vitamines et minéraux) affecte négativement la santé des yeux, des os, de la peau et des cheveux.