Akciğer embolisi tedavisi genellikle en az 6 ay sürer. Hastalığın ciddiyetine bağlı olarak, tedavinin bir kısmı hastanede yatış gerektirebilir. Protein C eksikliği, Faktör V Leiden mutasyonu veya antitrombin III eksikliği gibi kalıtsal yatkınlık durumlarında ise hasta ömür boyu kan sulandırıcı ilaç kullanmaya devam edebilir.