El tratamiento para la embolia pulmonar generalmente dura al menos 6 meses. Dependiendo de la gravedad de la enfermedad, una parte del tratamiento puede requerir hospitalización. En casos de predisposición hereditaria, como deficiencia de Proteína C, mutación del Factor V Leiden o deficiencia de antitrombina III, el paciente podría necesitar continuar usando anticoagulantes de por vida.