Die Behandlung einer Lungenembolie dauert in der Regel mindestens 6 Monate. Abhängig vom Schweregrad der Erkrankung kann ein Teil der Behandlung einen Krankenhausaufenthalt erfordern. Bei erblichen Prädispositionen wie Protein-C-Mangel, Faktor-V-Leiden-Mutation oder Antithrombin-III-Mangel muss der Patient möglicherweise lebenslang blutverdünnende Medikamente einnehmen.