Лечение тромбоэмболии легочной артерии обычно длится не менее 6 месяцев. В зависимости от тяжести заболевания, часть лечения может потребовать госпитализации. В случаях наследственной предрасположенности, таких как дефицит протеина С, мутация фактора V Лейдена или дефицит антитромбина III, пациенту может потребоваться продолжать принимать разжижающие кровь препараты пожизненно.