Le traitement de l'embolie pulmonaire dure généralement au moins 6 mois. Selon la gravité de la maladie, une partie du traitement peut nécessiter une hospitalisation. Dans les cas de prédisposition héréditaire, comme le déficit en protéine C, la mutation du facteur V de Leiden ou le déficit en antithrombine III, le patient pourrait devoir continuer à prendre des anticoagulants à vie.