एंडोमेट्रियोसिस (चॉकलेट सिस्ट) से जुड़ा दर्द आमतौर पर मासिक धर्म की ऐंठन के रूप में प्रकट होता है। ये दर्द आमतौर पर मासिक धर्म से ठीक पहले शुरू होते हैं और मासिक धर्म की पूरी अवधि तक बने रहते हैं। रोगी विशेष रूप से श्रोणि क्षेत्र में केंद्रित दर्द की शिकायत कर सकते हैं, जो पैरों और पीठ के निचले हिस्से तक फैलता है। एंडोमेट्रियोसिस संभोग के दौरान भी दर्द (डिसपेरयुनिया) का कारण बन सकता है। कुछ मामलों में, आंतों या मूत्राशय में भी दर्द का अनुभव हो सकता है।