El dolor asociado con la endometriosis (quiste de chocolate) se manifiesta típicamente como calambres menstruales. Estos dolores suelen comenzar justo antes de la menstruación y continúan durante todo el período menstrual. Las pacientes pueden quejarse de dolor concentrado especialmente en la zona pélvica, que se irradia a las piernas y la parte baja de la espalda. La endometriosis también puede causar dolor durante las relaciones sexuales (dispareunia). En algunos casos, también se puede encontrar dolor en los intestinos o la vejiga.