La douleur associée à l'endométriose (kyste au chocolat) se manifeste généralement sous forme de crampes menstruelles. Ces douleurs débutent typiquement juste avant les règles et persistent tout au long de la période menstruelle. Les patientes peuvent se plaindre de douleurs concentrées particulièrement dans la région pelvienne, irradiant vers les jambes et le bas du dos. L'endométriose peut également provoquer des douleurs lors des rapports sexuels (dyspareunie). Dans certains cas, des douleurs peuvent aussi être ressenties au niveau des intestins ou de la vessie.