Die mit Endometriose (Schokoladenzyste) verbundenen Schmerzen äußern sich typischerweise als Menstruationskrämpfe. Diese Schmerzen beginnen in der Regel kurz vor der Menstruation und halten während der gesamten Menstruationsperiode an. Patienten können über Schmerzen klagen, die sich besonders im Beckenbereich konzentrieren und in die Beine und den unteren Rücken ausstrahlen. Endometriose kann auch Schmerzen während des Geschlechtsverkehrs (Dyspareunie) verursachen. In einigen Fällen können auch Schmerzen im Darm oder in der Blase auftreten.