A dor associada à endometriose (cisto de chocolate) tipicamente manifesta-se como cólicas menstruais. Essas dores geralmente começam imediatamente antes da menstruação e continuam durante todo o período menstrual. As pacientes podem queixar-se de dor concentrada especialmente na região pélvica, irradiando para as pernas e a região lombar. A endometriose também pode causar dor durante as relações sexuais (dispareunia). Em alguns casos, a dor também pode ser encontrada nos intestinos ou na bexiga.