Çocukluk çağında otolog kök hücre naklinin uygulandığı başlıca hastalıklar şunlardır:

* Akut Miyeloid Lösemi (AML)
* Hodgkin Lenfoma
* Hodgkin Dışı Lenfoma
* Nöroblastom
* Ewing Sarkomu
* Medulloblastom (bir tür beyin tümörü)
* Yumuşak Doku Sarkomları
* Germ Hücreli Tümörler
* Wilms Tümörü (bir tür böbrek tümörü)
* Retinoblastom (bir tür göz tümörü)
* Belirli Otoimmün Hastalıklar