Les principales maladies pour lesquelles une greffe autologue de cellules souches est pratiquée chez l'enfant sont les suivantes :

* Leucémie Myéloïde Aiguë (LMA)
* Lymphome de Hodgkin
* Lymphome Non Hodgkinien
* Neuroblastome
* Sarcome d'Ewing
* Médulloblastome (un type de tumeur cérébrale)
* Sarcomes des Tissus Mous
* Tumeurs Germinales
* Tumeur de Wilms (un type de tumeur rénale)
* Rétinoblastome (un type de tumeur oculaire)
* Certaines Maladies Auto-immunes