As principais doenças para as quais o transplante autólogo de células-tronco é realizado na infância incluem:

* Leucemia Mieloide Aguda (LMA)
* Linfoma de Hodgkin
* Linfoma Não-Hodgkin
* Neuroblastoma
* Sarcoma de Ewing
* Meduloblastoma (um tipo de tumor cerebral)
* Sarcomas de Partes Moles
* Tumores de Células Germinativas
* Tumor de Wilms (um tipo de tumor renal)
* Retinoblastoma (um tipo de tumor ocular)
* Certas Doenças Autoimunes