Die wichtigsten Erkrankungen, bei denen im Kindesalter eine autologe Stammzelltransplantation durchgeführt wird, sind folgende:

* Akute Myeloische Leukämie (AML)
* Hodgkin-Lymphom
* Non-Hodgkin-Lymphom
* Neuroblastom
* Ewing-Sarkom
* Medulloblastom (eine Art Hirntumor)
* Weichteilsarkome
* Keimzelltumoren
* Wilms-Tumor (eine Art Nierentumor)
* Retinoblastom (eine Art Augentumor)
* Bestimmte Autoimmunerkrankungen