Основные заболевания, при которых проводится аутологичная трансплантация стволовых клеток в детском возрасте, включают:

* Острый миелоидный лейкоз (ОМЛ)
* Лимфома Ходжкина
* Неходжкинские лимфомы
* Нейробластома
* Саркома Юинга
* Медуллобластома (вид опухоли головного мозга)
* Саркомы мягких тканей
* Герминогенные опухоли
* Опухоль Вильмса (вид опухоли почки)
* Ретинобластома (вид опухоли глаза)
* Некоторые аутоиммунные заболевания