बचपन में ऑटोलॉगस स्टेम सेल प्रत्यारोपण मुख्य रूप से निम्नलिखित बीमारियों के लिए किया जाता है:

* एक्यूट मायलॉयड ल्यूकेमिया (AML)
* हॉजकिन लिंफोमा
* नॉन-हॉजकिन लिंफोमा
* न्यूरोब्लास्टोमा
* ईविंग सार्कोमा
* मेडुलोब्लास्टोमा (एक प्रकार का मस्तिष्क ट्यूमर)
* सॉफ्ट टिशू सार्कोमा
* जर्म सेल ट्यूमर
* विल्म्स ट्यूमर (एक प्रकार का किडनी ट्यूमर)
* रेटिनोब्लास्टोमा (एक प्रकार का आंख का ट्यूमर)
* कुछ ऑटोइम्यून बीमारियाँ