Ortopedik ve travmatolojik rahatsızlıkların tedavisinde kök hücre uygulaması, yaygın ve ciddi risklerin nadir görülmesi nedeniyle genellikle güvenli kabul edilse de, her tıbbi işlem gibi potansiyel komplikasyonları barındırabilir.

Kök hücre uygulamasının olası riskleri şunları içerebilir:
* Uygulanan lokal veya genel anesteziye bağlı alerjik reaksiyonlar.
* Tedavi uygulanan bölgede kanama veya morarma.
* Sinir veya kan damarlarında hasar oluşma potansiyeli.
* Nadir durumlarda, uygulama bölgesinde enfeksiyon gelişimi.
* Tedavi edilen bölgede şişlik, dokunmaya karşı hassasiyet veya ağrı gelişimi.
* Kök hücre uygulamalarına özgü bir durum olarak, özellikle kıkırdak onarımına yönelik tedavilerde, nakledilen hücrelerin istenmeyen hücre tiplerine, örneğin kıkırdak yerine kemik dokusuna dönüşme potansiyeli bulunmaktadır. Nadir de olsa, bu tür ektopik kemik oluşumu ikincil bir cerrahi müdahaleyi gerektirebilir.
* Bazı kök hücre tedavilerinin (örn. kemik iliği nakilleri) bağışıklık sistemini baskılayıcı ilaçlar gerektirebileceği unutulmamalıdır; ancak ortopedik rahatsızlıkların tedavisinde uygulanan kök hücre tedavisinde genellikle bu tür ilaçlara ihtiyaç duyulmaz, bu sayede bağışıklık sistemi baskılanması gibi ilişkili riskler önlenmiş olur.

Kök hücre tedavisinden sonra hastaların aşağıdaki durumlardan herhangi birini yaşamaları halinde tıbbi yardım almaları önerilir:
* Aşırı kanama
* Enjeksiyon yerinden akıntı
* Ateş
* Ağrı kesici ilaçlarla kontrol edilemeyen ağrı