ऑर्थोपेडिक और ट्रॉमा संबंधी स्थितियों के उपचार में स्टेम सेल के उपयोग को, व्यापक और गंभीर जोखिमों के दुर्लभ होने के कारण, आम तौर पर सुरक्षित माना जाता है, फिर भी किसी भी चिकित्सा प्रक्रिया की तरह, इसमें भी संभावित जटिलताएँ हो सकती हैं।

स्टेम सेल के उपयोग के संभावित जोखिमों में शामिल हो सकते हैं:
* स्थानीय या सामान्य संज्ञाहरण के कारण एलर्जी प्रतिक्रियाएँ।
* उपचारित क्षेत्र में रक्तस्राव या चोट लगना।
* तंत्रिका या रक्त वाहिकाओं को नुकसान की संभावना।
* दुर्लभ मामलों में, अनुप्रयोग स्थल पर संक्रमण का विकास।
* उपचारित क्षेत्र में सूजन, छूने पर दर्द या दर्द का विकास।
* स्टेम सेल अनुप्रयोगों के लिए एक विशिष्ट स्थिति, विशेष रूप से उपास्थि की मरम्मत के उपचार में, प्रत्यारोपित कोशिकाओं का अवांछित कोशिका प्रकारों में बदलना है, उदाहरण के लिए, उपास्थि के बजाय अस्थि ऊतक का निर्माण। यद्यपि दुर्लभ, इस तरह के एक्टोपिक अस्थि निर्माण के लिए माध्यमिक शल्य चिकित्सा हस्तक्षेप की आवश्यकता हो सकती है।
* यह ध्यान दिया जाना चाहिए कि जबकि कुछ स्टेम सेल उपचारों (जैसे अस्थि मज्जा प्रत्यारोपण) में इम्यूनोसप्रेसिव दवाओं की आवश्यकता हो सकती है, ऑर्थोपेडिक स्थितियों के उपचार में लागू स्टेम सेल थेरेपी में आमतौर पर ऐसी दवाओं की आवश्यकता नहीं होती है, जिससे प्रतिरक्षा प्रणाली के दमन जैसे संबंधित जोखिमों से बचा जा सके।

स्टेम सेल थेरेपी के बाद यदि रोगी निम्नलिखित में से कोई भी अनुभव करते हैं तो उन्हें चिकित्सकीय सहायता लेने की सलाह दी जाती है:
* अत्यधिक रक्तस्राव
* इंजेक्शन स्थल से जल निकासी
* बुखार
* दर्द निवारक दवाओं से नियंत्रित न होने वाला दर्द