Si bien la aplicación de células madre en el tratamiento de afecciones ortopédicas y traumatológicas se considera generalmente segura debido a la rara aparición de riesgos generalizados y graves, como cualquier procedimiento médico, puede implicar complicaciones potenciales.

Los posibles riesgos de la aplicación de células madre pueden incluir:
* Reacciones alérgicas debido a la anestesia local o general.
* Sangrado o hematomas en el área tratada.
* Potencial de daño a nervios o vasos sanguíneos.
* En casos raros, desarrollo de infección en el sitio de aplicación.
* Desarrollo de hinchazón, sensibilidad al tacto o dolor en el área tratada.
* Una condición específica para las aplicaciones de células madre, particularmente en tratamientos para la reparación del cartílago, es el potencial de que las células trasplantadas se transformen en tipos de células indeseables, por ejemplo, tejido óseo en lugar de cartílago. Aunque es raro, tal formación ósea ectópica puede requerir una intervención quirúrgica secundaria.
* Cabe señalar que, si bien algunos tratamientos con células madre (por ejemplo, trasplantes de médula ósea) pueden requerir medicamentos inmunosupresores, la terapia con células madre aplicada en el tratamiento de afecciones ortopédicas generalmente no requiere tales medicamentos, evitando así los riesgos asociados como la supresión del sistema inmunitario.

Se aconseja a los pacientes que busquen atención médica si experimentan alguno de los siguientes síntomas después de la terapia con células madre:
* Sangrado excesivo
* Drenaje del sitio de inyección
* Fiebre
* Dolor no controlado por analgésicos