Bien que l'application de cellules souches dans le traitement des affections orthopédiques et traumatologiques soit généralement considérée comme sûre en raison de la rare apparition de risques généralisés et graves, comme toute procédure médicale, elle peut impliquer des complications potentielles.

Les risques possibles de l'application de cellules souches peuvent inclure:
* Réactions allergiques dues à une anesthésie locale ou générale.
* Saignement ou ecchymose dans la zone traitée.
* Potentiel de dommages aux nerfs ou aux vaisseaux sanguins.
* Dans de rares cas, développement d'une infection au site d'application.
* Développement d'un gonflement, d'une sensibilité au toucher ou d'une douleur dans la zone traitée.
* Une condition spécifique pour les applications de cellules souches, en particulier dans les traitements pour la réparation du cartilage, est le potentiel des cellules transplantées à se transformer en types de cellules indésirables, par exemple, du tissu osseux au lieu du cartilage. Bien que rare, une telle formation osseuse ectopique peut nécessiter une intervention chirurgicale secondaire.
* Il convient de noter que si certains traitements par cellules souches (par exemple, les greffes de moelle osseuse) peuvent nécessiter des médicaments immunosuppresseurs, la thérapie par cellules souches appliquée dans le traitement des affections orthopédiques ne nécessite généralement pas de tels médicaments, évitant ainsi les risques associés tels que la suppression du système immunitaire.

Il est conseillé aux patients de consulter un médecin s'ils présentent l'un des symptômes suivants après une thérapie par cellules souches:
* Saignement excessif
* Drainage du site d'injection
* Fièvre
* Douleur non contrôlée par les analgésiques