Embora a aplicação de células-tronco no tratamento de condições ortopédicas e traumatológicas seja geralmente considerada segura devido à rara ocorrência de riscos generalizados e sérios, como qualquer procedimento médico, ela pode envolver complicações potenciais.

Os possíveis riscos da aplicação de células-tronco podem incluir:
* Reações alérgicas devido à anestesia local ou geral.
* Sangramento ou hematomas na área tratada.
* Potencial de dano a nervos ou vasos sanguíneos.
* Em casos raros, desenvolvimento de infecção no local de aplicação.
* Desenvolvimento de inchaço, sensibilidade ao toque ou dor na área tratada.
* Uma condição específica para aplicações de células-tronco, particularmente em tratamentos para reparo de cartilagem, é o potencial de as células transplantadas se transformarem em tipos de células indesejáveis, por exemplo, tecido ósseo em vez de cartilagem. Embora raro, tal formação óssea ectópica pode exigir uma intervenção cirúrgica secundária.
* Deve-se notar que, embora alguns tratamentos com células-tronco (por exemplo, transplantes de medula óssea) possam exigir medicamentos imunossupressores, a terapia com células-tronco aplicada no tratamento de condições ortopédicas geralmente não requer tais medicamentos, evitando assim riscos associados, como a supressão do sistema imunológico.

Os pacientes são aconselhados a procurar atendimento médico se experimentarem algum dos seguintes sintomas após a terapia com células-tronco:
* Sangramento excessivo
* Drenagem do local de injeção
* Febre
* Dor não controlada por analgésicos