Para obter resultados confiáveis do teste pré-natal não invasivo (NIPT), é necessária uma quantidade suficiente de DNA fetal livre (cfDNA) no plasma materno. Vários fatores podem reduzir a fração fetal, potencialmente levando à falha do teste ou a um relatório de "sem resultado". Estes incluem: rastreio antes das 10 semanas de gestação, coleta ou processamento de amostra subótimos, obesidade materna, certas anomalias fetais (por exemplo, Trissomia 18, triploidias), o uso de heparina de baixo peso molecular e gestações concebidas por fertilização in vitro (incluindo gestações múltiplas).
Embora o teste de cfDNA seja a opção de rastreio mais sensível para as Trissomias 21, 18 e 13, seu desempenho pode variar. A taxa combinada de falsos positivos para estas três trissomias é de 0,15%. No entanto, para as aneuploidias dos cromossomos sexuais, como a Monossomia X (Síndrome de Turner), o desempenho do teste de cfDNA difere. A taxa de detecção para a Monossomia X pode diminuir para aproximadamente 90%, enquanto a taxa de falsos positivos para casos sem Síndrome de Turner aumenta para 0,23%.