गैर-आक्रामक प्रसवपूर्व परीक्षण (NIPT) से विश्वसनीय परिणाम प्राप्त करने के लिए, मातृ प्लाज्मा में पर्याप्त मात्रा में भ्रूण कोशिका-मुक्त डीएनए (cfDNA) होना आवश्यक है। कई कारक भ्रूण अंश को कम कर सकते हैं, जिससे संभावित रूप से परीक्षण विफल हो सकता है या 'कोई परिणाम नहीं' रिपोर्ट आ सकती है। इनमें शामिल हैं: गर्भधारण के 10 सप्ताह से पहले स्क्रीनिंग, नमूना संग्रह या प्रसंस्करण में कमी, मातृ मोटापा, कुछ भ्रूण संबंधी असामान्यताएं (जैसे ट्राइसोमी 18, ट्रिपलोइडियाँ), कम आणविक भार वाले हेपरिन का उपयोग, और इन विट्रो फर्टिलाइजेशन (कई गर्भधारण सहित) के माध्यम से गर्भधारण।
हालांकि cfDNA परीक्षण ट्राइसोमी 21, 18 और 13 के लिए सबसे संवेदनशील स्क्रीनिंग विकल्प है, इसकी प्रदर्शन क्षमता ट्राइसोमी के अनुसार भिन्न हो सकती है। इन तीनों ट्राइसोमी के लिए संयुक्त गलत-सकारात्मक दर 0.15% है। हालांकि, लिंग गुणसूत्र एन्यूप्लोइडीज़, जैसे मोनोसोमी एक्स (टर्नर सिंड्रोम) के लिए, cfDNA परीक्षण का प्रदर्शन भिन्न होता है। मोनोसोमी एक्स के लिए पता लगाने की दर लगभग 90% तक कम हो सकती है, जबकि टर्नर सिंड्रोम के बिना मामलों के लिए गलत-सकारात्मक दर 0.23% तक बढ़ जाती है।