Um zuverlässige Ergebnisse aus nicht-invasiven Pränataltests (NIPT) zu erhalten, ist eine ausreichende Menge an fötaler zellfreier DNA (cfDNA) im mütterlichen Plasma erforderlich. Mehrere Faktoren können die fetale Fraktion reduzieren und potenziell zu einem Testversagen oder einem "kein Ergebnis"-Bericht führen. Dazu gehören: Screening vor der 10. Schwangerschaftswoche, suboptimale Probengewinnung oder -verarbeitung, mütterliche Adipositas, bestimmte fötale Anomalien (z. B. Trisomie 18, Triploidien), die Anwendung von niedermolekularem Heparin sowie Schwangerschaften, die durch In-vitro-Fertilisation (einschließlich Mehrlingsschwangerschaften) entstanden sind.
Obwohl der cfDNA-Test die empfindlichste Screening-Option für die Trisomien 21, 18 und 13 ist, kann seine Leistung variieren. Die kombinierte Falsch-Positiv-Rate für diese drei Trisomien beträgt 0,15 %. Bei Aneuploidien der Geschlechtschromosomen, wie z. B. der Monosomie X (Turner-Syndrom), unterscheidet sich die Leistung des cfDNA-Tests. Die Nachweisrate für Monosomie X kann auf etwa 90 % sinken, während die Falsch-Positiv-Rate für Fälle ohne Turner-Syndrom auf 0,23 % ansteigt.