L'obtention de résultats fiables à partir des tests prénatals non invasifs (TPNI) nécessite une quantité suffisante d'ADN fœtal libre (ADNlc fœtal) dans le plasma maternel. Plusieurs facteurs peuvent réduire la fraction fœtale, entraînant potentiellement un échec du test ou un rapport "aucun résultat". Ces facteurs incluent : le dépistage avant la 10e semaine de gestation, une collecte ou un traitement d'échantillon suboptimal, l'obésité maternelle, certaines anomalies fœtales (par exemple, la Trisomie 18, les triploïdies), l'utilisation d'héparine de faible poids moléculaire, et les grossesses conçues par fécondation in vitro (y compris les grossesses multiples).
Bien que le test ADNlc fœtal soit l'option de dépistage la plus sensible pour les Trisomies 21, 18 et 13, sa performance peut varier. Le taux combiné de faux positifs pour ces trois trisomies est de 0,15 %. Cependant, pour les aneuploïdies des chromosomes sexuels, telles que la Monosomie X (Syndrome de Turner), la performance du test ADNlc fœtal diffère. Le taux de détection pour la Monosomie X peut diminuer à environ 90 %, tandis que le taux de faux positifs pour les cas sans Syndrome de Turner augmente à 0,23 %.