Para obtener resultados fiables de las pruebas prenatales no invasivas (TPNI), se requiere una cantidad suficiente de ADN fetal libre (ADNlc) en el plasma materno. Varios factores pueden reducir la fracción fetal, lo que podría llevar a un fallo de la prueba o a un informe de "sin resultado". Estos incluyen: el cribado antes de las 10 semanas de gestación, una recolección o procesamiento subóptimo de la muestra, la obesidad materna, ciertas anomalías fetales (por ejemplo, Trisomía 18, triploidías), el uso de heparina de bajo peso molecular y los embarazos concebidos mediante fertilización in vitro (incluidos los embarazos múltiples).
Aunque la prueba de ADNlc es la opción de cribado más sensible para las Trisomías 21, 18 y 13, su rendimiento puede variar. La tasa combinada de falsos positivos para estas tres trisomías es del 0,15%. Sin embargo, para las aneuploidías de los cromosomas sexuales, como la Monosomía X (Síndrome de Turner), el rendimiento de la prueba de ADNlc difiere. La tasa de detección para la Monosomía X puede disminuir a aproximadamente el 90%, mientras que la tasa de falsos positivos para los casos sin Síndrome de Turner aumenta al 0,23%.