Non-invaziv prenatal testlerden (NIPT) güvenilir sonuçlar elde etmek için anne plazmasında yeterli miktarda fetal serbest hücre DNA'sı (cfDNA) bulunması gerekmektedir. Birkaç faktör fetal fraksiyonu azaltabilir ve bu durum testin başarısız olmasına veya "sonuç yok" raporuna yol açabilir. Bu faktörler arasında; 10. gebelik haftasından önce tarama yapılması, yetersiz numune toplama veya işleme, annede obezite, bazı fetal anomaliler (örn. Trizomi 18, triploidi), düşük moleküler ağırlıklı heparin kullanımı ve in vitro fertilizasyon (tüp bebek) yoluyla (çoğul gebelikler dahil) oluşan gebelikler yer almaktadır.
cfDNA testi, Trizomi 21, 18 ve 13 için en hassas tarama seçeneği olmakla birlikte, performansı trizomiye göre değişiklik gösterebilir. Bu üç trizomi için birleşik yanlış pozitif oranı yüzde 0.15'tir. Ancak, Monozomi X (Turner Sendromu) gibi cinsiyet kromozomu anöploidileri için cfDNA test performansı farklılık gösterir. Monozomi X için saptama oranı yaklaşık %90'a düşebilirken, Turner Sendromu olmayan vakalar için yanlış pozitif oranı %0.23'e yükselir.