एनिसोकॉरिया का उपचार स्थिति के अंतर्निहित कारण के सटीक निदान के बाद निर्धारित और प्रशासित किया जाता है। शारीरिक एनिसोकॉरिया के मामलों में, जहां यह किसी अन्य बीमारी से उत्पन्न नहीं होता है, आमतौर पर उपचार की आवश्यकता नहीं होती है। हालांकि, यदि एनिसोकॉरिया का कारण पैथोलॉजिकल पाया जाता है, तो उस कारण को लक्षित करने वाली एक विशिष्ट उपचार विधि की योजना बनाई जाती है। एनिसोकॉरिया के उपचार में उपयोग की जा सकने वाली प्राथमिक विधियाँ इस प्रकार हैं:

* यदि तंत्रिका संपीड़न का कारण बनने वाला ट्यूमर मौजूद है, तो सर्जिकल हस्तक्षेप आवश्यक हो सकता है।
* आँख की चोट की स्थिति में, चोट की गंभीरता के आधार पर सर्जिकल ऑपरेशन या चिकित्सा उपचार लागू किया जा सकता है।
* ग्लूकोमा जैसी स्थितियों के लिए, अंतर्गर्भाशयी दबाव को नियंत्रित करने के लिए दवा या सर्जिकल विकल्पों पर विचार किया जाता है।
* यदि किसी दवा के कारण एनिसोकॉरिया विकसित होता है, तो दवा को बदलना या उसकी खुराक को समायोजित करना आवश्यक हो सकता है।
* यदि यह माइग्रेन या क्लस्टर सिरदर्द से उत्पन्न होता है, तो अंतर्निहित माइग्रेन का उपचार लागू किया जाता है।
* यदि शरीर में सूजन मौजूद है, तो एंटीबायोटिक्स, एंटीवायरल दवाएं, या स्टेरॉयड जैसे विरोधी भड़काऊ दवाओं का उपयोग किया जा सकता है।