Le traitement de l'anisocorie est déterminé et administré suite à un diagnostic précis de la cause sous-jacente de l'affection. Dans les cas d'anisocorie physiologique, c'est-à-dire lorsqu'elle ne résulte pas d'une autre maladie, un traitement n'est généralement pas nécessaire. Cependant, si l'anisocorie est identifiée comme étant due à une cause pathologique, une méthode de traitement spécifique ciblant cette cause est planifiée. Les principales méthodes qui peuvent être employées dans le traitement de l'anisocorie sont les suivantes :

* Si une tumeur provoquant une compression nerveuse est présente, une intervention chirurgicale peut être nécessaire.
* En cas de lésion oculaire, une opération chirurgicale ou un traitement médical peut être appliqué en fonction de la gravité de la lésion.
* Pour des affections telles que le glaucome, des médicaments ou des options chirurgicales sont envisagées pour contrôler la pression intraoculaire.
* Si une anisocorie se développe en raison d'un médicament, il peut être nécessaire de changer le médicament ou d'ajuster sa posologie.
* Si elle provient de migraines ou de céphalées en grappe, le traitement sous-jacent de la migraine est appliqué.
* En cas d'inflammation dans le corps, des médicaments anti-inflammatoires tels que des antibiotiques, des antiviraux ou des stéroïdes peuvent être utilisés.