O tratamento da anisocoria é determinado e administrado após um diagnóstico preciso da causa subjacente da condição. Em casos de anisocoria fisiológica, ou seja, quando não decorre de outra doença, geralmente não é necessário tratamento. No entanto, se for constatado que a anisocoria se deve a uma causa patológica, um método de tratamento específico, visando essa causa, é planejado. Os principais métodos que podem ser empregados no tratamento da anisocoria são os seguintes:

* Se houver um tumor causando compressão nervosa, a intervenção cirúrgica pode ser necessária.
* Em caso de lesão ocular, uma operação cirúrgica ou tratamento médico pode ser aplicado dependendo da gravidade da lesão.
* Para condições como o glaucoma, medicamentos ou opções cirúrgicas são considerados para controlar a pressão intraocular.
* Se a anisocoria se desenvolver devido a um medicamento, pode ser necessário mudar o medicamento ou ajustar sua dosagem.
* Se tiver origem em enxaquecas ou dores de cabeça em salvas, o tratamento subjacente da enxaqueca é aplicado.
* Se houver inflamação no corpo, podem ser usados medicamentos anti-inflamatórios, como antibióticos, antivirais ou esteroides.