El tratamiento de la anisocoria se determina y administra tras un diagnóstico preciso de la causa subyacente de la afección. En los casos de anisocoria fisiológica, es decir, cuando no surge de otra enfermedad, generalmente no se requiere tratamiento. Sin embargo, si se determina que la anisocoria se debe a una causa patológica, se planifica un método de tratamiento específico dirigido a esa causa. Los métodos principales que se pueden emplear en el tratamiento de la anisocoria son los siguientes:

* Si existe un tumor que causa compresión nerviosa, puede ser necesaria una intervención quirúrgica.
* En caso de una lesión ocular, se puede aplicar una operación quirúrgica o un tratamiento médico dependiendo de la gravedad de la lesión.
* Para afecciones como el glaucoma, se consideran medicamentos u opciones quirúrgicas para controlar la presión intraocular.
* Si la anisocoria se desarrolla debido a un medicamento, puede ser necesario cambiar el medicamento o ajustar su dosificación.
* Si se origina por migrañas o cefaleas en racimo, se aplica el tratamiento subyacente de la migraña.
* Si hay inflamación en el cuerpo, se pueden usar medicamentos antiinflamatorios como antibióticos, antivirales o esteroides.