स्टेम सेल उपचार की अवधि लागू विधि के अनुसार भिन्न होती है। इंजेक्शन के माध्यम से किए जाने वाले अनुप्रयोगों में, स्टेम कोशिकाओं का संग्रह आमतौर पर लगभग 15-20 मिनट लगता है। इसके बाद, उपयोग किए गए प्रोटोकॉल के आधार पर, स्टेम सेल अलगाव प्रक्रिया 45 मिनट से 2 घंटे तक भिन्न हो सकती है। इंजेक्शन में ही लगभग 1 मिनट लगता है। जबकि संग्रह और इंजेक्शन के चरण मरीज के साथ किए जाते हैं, अलगाव प्रक्रिया मरीज से स्वतंत्र रूप से की जाती है, इस दौरान मरीज आराम कर सकता है। हालांकि, मैट्रिक्स नामक वाहक का उपयोग करके शल्य चिकित्सा द्वारा किए गए स्टेम सेल प्रक्रियाओं के लिए, सर्जिकल प्रक्रिया की जटिलता के आधार पर कुल अवधि 1-2 घंटे तक हो सकती है।