Anizokori tedavisi, durumun altta yatan nedeninin doğru bir şekilde teşhis edilmesinin ardından belirlenir ve uygulanır. Fizyolojik anizokori durumunda, yani başka bir hastalığa bağlı olarak ortaya çıkmayan durumlarda, genellikle tedaviye ihtiyaç duyulmaz. Ancak, anizokorinin patolojik bir nedene bağlı olduğu tespit edilirse, bu spesifik nedene yönelik bir tedavi yöntemi planlanır. Anizokori tedavisinde başvurulabilecek başlıca yöntemler şunlardır:

* Eğer sinir basısına yol açan bir tümör mevcutsa, cerrahi müdahale gerekli olabilir.
* Gözde bir yaralanma söz konusu ise, yaralanmanın ciddiyetine bağlı olarak cerrahi operasyon veya medikal tedavi uygulanabilir.
* Glokom gibi durumlarda, göz içi basıncını kontrol altına almak için ilaç tedavisi veya cerrahi seçenekler değerlendirilir.
* Bir ilacın neden olduğu anizokori gelişmişse, ilgili ilacın değiştirilmesi veya dozajının ayarlanması gerekebilir.
* Migren veya küme baş ağrılarından kaynaklanıyorsa, altta yatan migren tedavisi uygulanır.
* Vücutta iltihaplanma mevcutsa, antibiyotikler, antiviral ilaçlar veya steroidler gibi anti-inflamatuar ilaçlar kullanılabilir.