Die Diagnose einer Steißbeinfistel (Pilonidalzyste) kann leicht durch eine körperliche Untersuchung durch einen Allgemeinchirurgen gestellt werden. Bei dieser Untersuchung sind Empfindlichkeit in der Gesäßfalte, Schwellungen, Abszesse oder das Vorhandensein einer Sinusöffnung (Mündung) im Steißbeinbereich ausreichende Anzeichen für die Diagnose. Bei schweren Infektionen können Bluttests angefordert werden, um das Ausmaß der Infektion zu beurteilen. Im Allgemeinen sind bildgebende Verfahren (MRT, Ultraschall usw.) für die Diagnose von Pilonidalzysten nicht erforderlich.