Le diagnostic du kyste pilonidal (sinus pilonidal) peut être facilement posé par un examen physique effectué par un chirurgien généraliste. Lors de cet examen, une sensibilité dans le sillon interfessier, un gonflement, un abcès ou la présence d'une ouverture de sinus (orifice) dans la région du coccyx sont des indicateurs suffisants pour le diagnostic. En cas d'infection sévère, des analyses sanguines peuvent être demandées pour évaluer l'étendue de l'infection. Généralement, les examens d'imagerie (IRM, échographie, etc.) ne sont pas nécessaires pour le diagnostic des kystes pilonidaux.