Диагноз пилонидального синуса (пилонидальной кисты) легко устанавливается при физическом осмотре, проводимом хирургом общего профиля. Во время этого осмотра достаточными признаками для постановки диагноза являются болезненность в межъягодичной складке, отек, абсцесс или наличие синусного отверстия (свища) в области копчика. В случаях тяжелой инфекции могут быть назначены анализы крови для оценки степени распространения инфекции. Как правило, для диагностики пилонидальных кист не требуются методы визуализации (МРТ, УЗИ и т.д.).