Endometriose kann die Fruchtbarkeit durch verschiedene Mechanismen beeinträchtigen. Sie kann Verwachsungen und Blockaden in den Fortpflanzungsorganen, insbesondere den Eileitern, verursachen und dadurch verhindern, dass die Eizelle die Gebärmutter erreicht. Die Bildung von Endometriomen (Schokoladenzysten) in den Eierstöcken kann eine gesunde Ovulation behindern und die Eierstockreserve verringern, wodurch die Chancen auf eine Empfängnis weiter reduziert werden. Darüber hinaus können entzündliche Zytokine und humorale Faktoren, die aus endometriösen Läsionen freigesetzt werden, die Embryoentwicklung und -implantation negativ beeinflussen. Nach einer geeigneten Behandlung wird innerhalb von zwei Jahren ein Anstieg der Schwangerschaftsraten um 40% berichtet. Wenn eine natürliche Empfängnis weiterhin erfolglos bleibt, können assistierte Reproduktionstechnologien wie die In-vitro-Fertilisation (IVF) in Betracht gezogen werden.