Kök hücre nakli, her akut lösemi hastası için gerekli veya uygun bir tedavi seçeneği değildir. Nakil kararı, hastalığın başlangıcındaki beyaz kan hücresi sayısı, remisyon indüksiyon tedavisine yanıt, minimal rezidüel hastalık durumu ve tespit edilen genetik mutasyonların tipi gibi faktörler değerlendirilerek alınır. Bu veriler ışığında hastanın risk grubu belirlenir. Yüksek riskli hastalarda, bir kardeşten veya akraba dışı uyumlu bir vericiden allojenik kök hücre nakli tercih edilir. Nakil planlanan hasta ile potansiyel vericilerden alınan kan örnekleri doku uyumluluğu açısından incelenir ve bu uyumluluk derecesine göre nihai nakil kararı verilir.