La greffe de cellules souches n'est pas une option de traitement nécessaire ou appropriée pour tous les patients atteints de leucémie aiguë. La décision de greffe est prise en évaluant des facteurs tels que le nombre de globules blancs au début de la maladie, la réponse au traitement d'induction de la rémission, le statut de maladie résiduelle minimale et le type de mutations génétiques détectées. Sur la base de ces données, le groupe de risque du patient est déterminé. Chez les patients à haut risque, une greffe de cellules souches allogénique provenant d'un frère ou d'une sœur ou d'un donneur compatible non apparenté est préférée. Des échantillons de sang sont prélevés chez le patient programmé pour la greffe et les donneurs potentiels afin d'évaluer la compatibilité tissulaire, et la décision finale de greffe est prise en fonction du degré de compatibilité.