Трансплантация стволовых клеток не является необходимой или подходящей опцией лечения для каждого пациента с острым лейкозом. Решение о трансплантации принимается путем оценки таких факторов, как количество лейкоцитов в начале заболевания, ответ на индукционную терапию ремиссии, статус минимальной остаточной болезни и тип выявленных генетических мутаций. На основе этих данных определяется группа риска пациента. У пациентов высокого риска предпочтительна аллогенная трансплантация стволовых клеток от брата/сестры или неродственного совместимого донора. Образцы крови берутся у пациента, запланированного на трансплантацию, и потенциальных доноров для оценки тканевой совместимости, и окончательное решение о трансплантации принимается в соответствии со степенью совместимости.