Trigeminal nevralji ameliyatlarının riskleri, her cerrahi işlemde olduğu gibi mevcuttur. Başarılı bir cerrahi müdahale için hastanın kapsamlı bir şekilde değerlendirilmesi esastır. Hipertansiyon, diyabet veya kronik akciğer hastalıkları gibi ek sağlık sorunları, ameliyat sonrası komplikasyon riskini artırabilir; bu nedenle cerrahi öncesinde bu durumların etkin bir şekilde yönetilmesi veya tedavi edilmesi önemlidir. Anesteziye bağlı ve genel sistemik risklerin yanı sıra, her cerrahi prosedürün kendine özgü riskleri de bulunmaktadır. Tüm bu riskler, cerrahın tecrübesi, titizliği ve gelişmiş cerrahi teknikleriyle önemli ölçüde azaltılabilir.

Mikrovasküler dekompresyon (MVD) ameliyatlarında karşılaşılabilecek özel riskler şunlardır:
* Yara yeri problemleri (enfeksiyon, iyileşme sorunları)
* Beyin omurilik sıvısı (BOS) kaçağı
* Geçici yüz felci veya zayıflığı
Cerrahın dikkatli ve özenli çalışmasıyla bu risklerin çoğu önlenebilir olsa da, hiçbir zaman tamamen sıfıra indirilemez.

Foramen ovale yoluyla uygulanan perkütan ablasyon tedavilerinde ise şu riskler gözlemlenebilir:
* Ağrının devam etmesi (tedavinin etkisiz kalması)
* Yüzde kalıcı hissizlik
* Göz kuruluğu
* Çok nadir durumlarda kalıcı yüzde ağrı gelişimi
Ablasyon yöntemi olarak balon kompresyon tercih edildiğinde kalıcı yüzde ağrı gelişme ihtimali oldukça düşüktür. Ancak radyofrekans ve alkol uygulamalarında bu risk daha yüksek olabilmektedir.