Al igual que cualquier procedimiento quirúrgico, las cirugías para la neuralgia del trigémino conllevan riesgos inherentes. Una evaluación integral del paciente es esencial para una intervención quirúrgica exitosa. Las condiciones de salud coexistentes, como la hipertensión, la diabetes o las enfermedades pulmonares crónicas, pueden aumentar el riesgo de complicaciones postoperatorias; por lo tanto, el manejo o tratamiento eficaz de estas condiciones antes de la cirugía es crucial. Además de los riesgos relacionados con la anestesia y los riesgos sistémicos generales, cada procedimiento quirúrgico también tiene sus riesgos específicos. Todos estos riesgos pueden reducirse significativamente mediante la experiencia, la meticulosidad y las técnicas quirúrgicas avanzadas del cirujano.

Los riesgos específicos que pueden encontrarse en las cirugías de descompresión microvascular (DMV) incluyen:
* Complicaciones en la herida (infección, problemas de cicatrización)
* Fuga de líquido cefalorraquídeo (LCR)
* Parálisis o debilidad facial temporal
Si bien la mayoría de estos riesgos pueden prevenirse con un trabajo cuidadoso y diligente por parte del cirujano, nunca pueden eliminarse por completo.

En los tratamientos de ablación percutánea aplicados a través del foramen oval, se pueden observar los siguientes riesgos:
* Persistencia del dolor (ineficacia del tratamiento)
* Adormecimiento facial permanente
* Ojo seco
* En casos muy raros, el desarrollo de dolor facial permanente
Cuando se elige la compresión con balón como método de ablación, la probabilidad de desarrollar dolor facial permanente es considerablemente baja. Sin embargo, este riesgo puede ser mayor con las aplicaciones de radiofrecuencia y alcohol.