किसी भी शल्य प्रक्रिया की तरह, ट्राइजेमिनल न्यूराल्जिया की सर्जरी में भी अंतर्निहित जोखिम होते हैं। सफल शल्य चिकित्सा हस्तक्षेप के लिए रोगी का व्यापक मूल्यांकन आवश्यक है। उच्च रक्तचाप, मधुमेह या पुरानी फेफड़ों की बीमारियों जैसी सह-मौजूदा स्वास्थ्य स्थितियां पोस्ट-ऑपरेटिव जटिलताओं के जोखिम को बढ़ा सकती हैं; इसलिए, सर्जरी से पहले इन स्थितियों का प्रभावी ढंग से प्रबंधन या उपचार करना महत्वपूर्ण है। एनेस्थीसिया से संबंधित और सामान्य प्रणालीगत जोखिमों के अलावा, प्रत्येक शल्य प्रक्रिया के अपने विशिष्ट जोखिम भी होते हैं। ये सभी जोखिम सर्जन के अनुभव, सावधानी और उन्नत शल्य चिकित्सा तकनीकों के माध्यम से काफी हद तक कम किए जा सकते हैं।

माइक्रोवैस्कुलर डीकंप्रेशन (MVD) सर्जरी में सामने आ सकने वाले विशिष्ट जोखिमों में शामिल हैं:
* घाव संबंधी जटिलताएं (संक्रमण, उपचार संबंधी समस्याएं)
* सेरिब्रोस्पाइनल द्रव (CSF) का रिसाव
* अस्थायी चेहरे का पक्षाघात या कमजोरी
हालांकि सर्जन के सावधानीपूर्वक और मेहनती काम से इनमें से अधिकांश जोखिमों को रोका जा सकता है, लेकिन इन्हें पूरी तरह से कभी भी समाप्त नहीं किया जा सकता है।

फोरमेन ओवले के माध्यम से की जाने वाली परक्यूटेनियस एब्लेशन उपचारों में, निम्नलिखित जोखिम देखे जा सकते हैं:
* दर्द का बने रहना (उपचार की अप्रभावीता)
* चेहरे पर स्थायी सुन्नता
* सूखी आंख
* बहुत ही दुर्लभ मामलों में, चेहरे पर स्थायी दर्द का विकास
जब एब्लेशन विधि के रूप में बैलून कम्प्रेशन को चुना जाता है, तो चेहरे पर स्थायी दर्द विकसित होने की संभावना काफी कम होती है। हालांकि, रेडियोफ्रीक्वेंसी और अल्कोहल अनुप्रयोगों के साथ यह जोखिम अधिक हो सकता है।