Assim como qualquer procedimento cirúrgico, as cirurgias para nevralgia do trigêmeo carregam riscos inerentes. Uma avaliação abrangente do paciente é essencial para uma intervenção cirúrgica bem-sucedida. Condições de saúde coexistentes, como hipertensão, diabetes ou doenças pulmonares crônicas, podem aumentar o risco de complicações pós-operatórias; portanto, a gestão ou tratamento eficaz dessas condições antes da cirurgia é crucial. Além dos riscos relacionados à anestesia e dos riscos sistêmicos gerais, cada procedimento cirúrgico também possui seus riscos específicos. Todos esses riscos podem ser significativamente reduzidos através da experiência, meticulosidade e técnicas cirúrgicas avançadas do cirurgião.

Os riscos específicos que podem ser encontrados em cirurgias de descompressão microvascular (DMV) incluem:
* Complicações na ferida (infecção, problemas de cicatrização)
* Vazamento de líquido cefalorraquidiano (LCR)
* Paralisia ou fraqueza facial temporária
Embora a maioria desses riscos possa ser prevenida com um trabalho cuidadoso e diligente por parte do cirurgião, eles nunca podem ser completamente eliminados.

Nos tratamentos de ablação percutânea aplicados via forame oval, os seguintes riscos podem ser observados:
* Persistência da dor (ineficácia do tratamento)
* Dormência facial permanente
* Olho seco
* Em casos muito raros, o desenvolvimento de dor facial permanente
Quando a compressão por balão é escolhida como método de ablação, a probabilidade de desenvolver dor facial permanente é consideravelmente baixa. No entanto, esse risco pode ser maior com as aplicações de radiofrequência e álcool.