Comme toute intervention chirurgicale, les opérations de la névralgie du trijumeau comportent des risques inhérents. Une évaluation complète du patient est essentielle pour une intervention chirurgicale réussie. Des conditions de santé coexistantes telles que l'hypertension, le diabète ou les maladies pulmonaires chroniques peuvent augmenter le risque de complications post-opératoires ; par conséquent, une gestion ou un traitement efficace de ces conditions avant la chirurgie est crucial. Outre les risques liés à l'anesthésie et les risques systémiques généraux, chaque procédure chirurgicale présente également ses risques spécifiques. Tous ces risques peuvent être considérablement réduits grâce à l'expérience du chirurgien, sa minutie et des techniques chirurgicales avancées.

Les risques spécifiques qui peuvent être rencontrés lors des chirurgies de décompression microvasculaire (MVD) comprennent :
* Problèmes de cicatrisation (infection, problèmes de guérison)
* Fuite de liquide céphalo-rachidien (LCR)
* Paralysie ou faiblesse faciale temporaire
Bien que la plupart de ces risques puissent être prévenus grâce au travail minutieux et diligent du chirurgien, ils ne peuvent jamais être entièrement éliminés.

Dans les traitements d'ablation percutanée appliqués via le foramen ovale, les risques suivants peuvent être observés :
* Persistance de la douleur (inefficacité du traitement)
* Engourdissement facial permanent
* Sécheresse oculaire
* Dans de très rares cas, le développement de douleurs faciales permanentes
Lorsque la compression par ballonnet est choisie comme méthode d'ablation, la probabilité de développer une douleur faciale permanente est considérablement faible. Cependant, ce risque peut être plus élevé avec les applications de radiofréquence et d'alcool.