Cross-linking, detaylı bir hasta değerlendirmesi ile doğru hasta seçimi yapıldığında, yüksek kaliteli cihaz ve solüsyonlar kullanıldığında ve hijyen kurallarına titizlikle uyulduğunda oldukça güvenilir bir yöntem olarak kabul edilir. Bununla birlikte, her tıbbi prosedürde olduğu gibi, cross-linking işleminin de potansiyel yan etkileri ve komplikasyonları mevcuttur. Bu risklerin, işlem öncesinde hasta ve yakınlarına eksiksiz bir şekilde açıklanması büyük önem taşımaktadır.