Le cross-linking est considéré comme une méthode très fiable lorsqu'une évaluation détaillée du patient conduit à une sélection appropriée, que des équipements et des solutions de haute qualité sont utilisés, et que les protocoles d'hygiène sont méticuleusement respectés. Cependant, comme toute procédure médicale, le cross-linking comporte des effets secondaires et des complications potentiels. Il est d'une importance capitale que ces risques soient entièrement expliqués au patient et à ses proches avant l'intervention.