O cross-linking é considerado um método altamente confiável quando uma avaliação detalhada do paciente leva à seleção correta do paciente, equipamentos e soluções de alta qualidade são utilizados e protocolos de higiene rigorosos são meticulosamente seguidos. No entanto, como qualquer procedimento médico, o cross-linking acarreta potenciais efeitos secundários e complicações. É de suma importância que estes riscos sejam totalmente explicados ao paciente e aos seus familiares antes do procedimento.